Web-based design center for vector-based siRNA and siRNA cassette
From Biocourse
| Tool 이름 | Web-based design center for vector -based siRNA and siRNA cassette |  |
| 주 소 | http://www.genscript.com/ | |
| Web tool/application | application | |
| 국 가 | 미국 | |
| 기 관 | ||
| 사용자 환경 | ||
| 버 전 | ||
| 입력 형태 | ||
| 출력 형태 | ||
| 내 용 | vector를 기반으로하는 iRNA와 siRNA cassette 디자인 과정을 쉽게 하기 위해 siRNA 타겟 탐색자와 siRNA빌더, siRNA 스크램블러로 구성된 툴 셋을 개발했다. siRNA 타겟 탐색자는 siRNA 타겟 부분 후보를 확인하기 위해 사용된다. 이 프로그램은 상동 필터링을 자동화하고 비특이성 교차 반응을 최소화하며 RNA 복식 내부 안정성과 siRNA 센스/안티센스트렌드의 이차 구조를 필터링한다. siRNA구조 빌더는 vector 삽입이나 cassette 삽입처럼 siRNA를 hairpin 구조로 만들기 위하여 사용된다. siRNA 서열 스크램블러는 siRNA 실험에서 negative 조절 서열를 주기 위해 사용된다. 이 프로그램들은 함께 DNA나 siRNA 디자인에 기반한 생물정보학의 구체적인 요구에 대처하기 위해 광범위한 유틸리티 세트를 제공한다. To facilitate the designing process for vector-based siRNA and siRNA cassette, a tool set has been developed consisting of a siRNA target finder, a siRNA construct builder and a siRNAsequence scrambler. The siRNA target finder is used to identify candidate siRNA target sites. The program automates homologyfiltering, minimizes non-specific cross-reaction, filters target sites based on RNA duplex internal stability and siRNA sense/anti-sensestrand secondary structure. The siRNA construct builder is used to create a siRNA hairpin construct as a vector insert or a cassette insert. The siRNA sequence scrambler is used to generatea negative control sequence for siRNA experiments. Together,these programs provide a comprehensive utility set to address the specific bioinformatics need of DNA-based siRNA design. |
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| 설치 및 사용방법 | ||
