Transcriptional regulator sites and transcription factors

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WITA

ACTIVITY  

Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 554건
국가 : 독일
기관 : Lionbioscience
다운로드 :
내용 : DNA와 RNA의 기능적 부분의 활성에 대한 데이터베이스

AGRIS ‐ Arabidopsis Gene Regulatory Information Server  
Motivation :
개발 프로그램 : Java Applet
데이터 건수 : AtTFDB ‐ 약 1,550개 전사인자의 분류 정보, AtcisDB ‐ 주석이 달린 29,388개
유전자의 5' 조절 서열에 대응하는 cis 조절 인자 관련 정보 포함.
국가 : 미국
기관 : The Ohio State University (OSU), Human Cancer Genetics (HCG) Bioinformatics group
내용 : AGRIS는 Arabidopsis(애기장대)의 프로모터 서열과 전사인자, 그리고 이들의 목표
유전자들에 관한 정보를 제공한다. AGRIS는 AtTFDB(Arabidopsis thaliana transcription factor
database)와 AtcisDB (Arabidopsis thaliana cis‐regulatory database)의 두 개 데이터베이스로
구성된다. AtTFDB는 약 1,500개의 전사인자에 대한 분류 정보를 포함하며 AtcisDB는 주석이
달린 29,388개 유전자의 5' 조절 서열과 함께 이에 대응하는 cis 조절 인자에 대한 기술이
포함된다.
 
ASPD  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 195건
국가 : 러시아
기관 : Institute of Cytology and Genetics
다운로드 :
내용 : ASPD(Artificial Selected Proteins/Peptides Database)는 무작위적인 단백질과
펩티드 pool로부터 선택되는 데이터베이스이다. 데이터베이스의 이용은 간단한 검색 시스템과
SRS (Sequence Retrieval System)에 의해서 이루어진다. ASPD는 SWISS‐PROT, PDB,
PROSITE와 같은 다른 데이터베이스와 하이퍼링크를 통하여 통합된다.

Cancer Chromosomes
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : NCBI
내용 : Cancer Chromosomes는 Entrez 데이터베이스의 하나로 NCI/NCBI SKY/M‐FISH &
CGH Database와 NCI Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer, 그리고
NCI Recurrent Aberrations in Cancer가 여기에 통합되어 있다. Cancer Chromosomes는
세포유전학과 의학 등에 관련된 참고문헌에 대한 정보를 검색해 볼 수 있게 해준다.

DBTBS  
Motivation : Bacillus subtilis의 유전자 발현 조절에 관한
정보의 제공
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 114개 전사인자, 525개 유전자에 대한 633개 프로모터
국가 : 일본
기관 : Human Genome Center
다운로드 :
내용 : DBTBS는 일반적으로 가장 연구가 잘 된 세균 중 하나인 Bacillus subtilis의
유전자발현 조절에 관한 데이터베이스로 1999년 공개되었다.
최근 50종의 세균 유전체와 cis‐elements에 관련된 비교 연구가 시작되었다.

DBTSS
Motivation : 인간 유전자의 전사과정에 관한 정보의 제공과 문제 해결을 위한 기초의 확립.
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 일본
기관 : 도쿄 대학
내용 : 전사 시작점에 대한 데이터베이스. DBTSS는 인간 유전자와 마우스 유전자의
전사 시작점과 인접한 프로모터에 대한 정확한 정보를 포함한다.

DoOP ‐ Databases of Orthologous Promoters
Motivation : 유전자의 promoter regions과 조절에 대한
정보의 취득을 돕는다.
개발 프로그램 : Linux, APACHE, Mysql
데이터 건수 : 21,061개의 척색동물 클러스터와 7,548개의 식물 클러스터 포함(Version 1.0).
국가 : 헝가리
기관 : Agricultural Biotechnology Center
다운로드 :
내용 : DoOP는 Homo sapiens, Arabidopsis thaliana 그리고 다른 유기체로부터 프로모터의
orthologous 클러스터를 포함하는 데이터베이스이다.
Version 1.0에서는 서로 다른 284종으로부터 21,061개의 척색동물 클러스터, 그리고 서로 다른
269종으로부터 7,548개의 식물 클러스터가 포함되었으며 현재 1.2 version이 나와있다.

DPInteract
Motivation : [[E.coli]] DNA와 단백질의 상호작용에 대한 정보의 제공과
E.coli 데이터베이스와 서열 항목의 각 부분에 대한 주해를 돕는다.
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : Harvard College
다운로드 :
내용 : 1994년 구축된 E. coli의 DNA와 단백질의 상호작용에 관한 데이터베이스.
 
EPD  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 스위스
기관 : ISREC
내용 : EPD(The Eukaryotic Promoter Database )는 웨이즈만 과학연구소에 의해서
만들어졌으며 현재 스위스 Epalinges s/Lausanne 내의 ISREC에서 유지되고 있다.
EPD는 EMBL Data Library내의 특이화된 주석 데이터베이스이다.
EPD는 EMBL Data Library로부터 유효한 진핵생물 프로모터에 관한 정보를 제공한다.

GeneNet  
Motivation : 서열 분석의 모든 기능을 총괄적으로 수행하는
total work bench system의 구축
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 러시아
기관 : Institute of Cytology and Genetics
다운로드 :
내용 : GeneNet은 NCBI의 GenBank, PDB, BLOCKS, KEGG의 데이터베이스를 통합적으로
검색하여 사용자가 입력한 단백질과 DNA의 서열 정보를 제공한다. 검색결과는 사용자의
e‐mail을 통해 제공되며 입력정보에 오류가 있을 경우 자동적으로 에러 메시지가 전달된다.

JASPAR  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 스웨덴
기관 : Center for Genomics and Bioinformatics
내용 : 전사인자의 DNA 부착점에 대한 PSSMs을 모아 놓았다.
PSSMs은 Position‐specific scoring matrix의 약어로 목적이 되는 서열 내에서
특이적으로 결합할 수 있는 아미노산을 찾기 위한 log‐odds score를 제공한다.

MAPPER  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : Harvard Medical School
다운로드 :
내용 : MAPPER는 다양한 유전체 내의 전사인자의 부착점(transcription factor binding sites
– TFBSs)의 컴퓨터적인 동정을 위한 플랫폼이다. MAPPER는 profile hidden Markov models의
검색력과 함께 TRANSFAC® 그리고 JASPAR의 데이터를 합치는 획기적인 기술을 이용한다.

ooTFD
Motivation :
개발 프로그램 : Javascript
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : Institute for Transcriptional Informatics
다운로드 :
내용 : 미국 IFTI의 웹사이트인 MIRAGE내의 데이터베이스인
TFD(object‐oriented Transcription Factors Database)는 전사인자에 관한 정보를 제공한다.

OPD ‐ Osteo‐Promoter Database  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 이스라엘
기관 : Sackler Faculty of Medicine (by Tel Aviv University)
다운로드 :
내용 : Osteo‐Promoter Database (OPD)는 골원성 증식과 분화에 관계되는
유전자에 대한 데이터베이스이다. OPD는 골원성 과정에 따라서 분화하는
유전자 프로모터에 대한 정보를 제공한다.
 
PLACE  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 식물유전자 내의 380 cis‐element 모티프
국가 : 일본
기관 : National Institute of Agrobiological Sciences
다운로드 :
내용 : PLACE는 이미 알려진 식물의 Cis‐acting Regulatory DNA Elements에서 발견되는
모티프들의 데이터베이스이다. 1996년, 일본의 Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries
(MAFF)의 지원을 통해서 건립되었으며 현재 MAFF DNA Bank의 서버를 통해서 운영되고 있다.

PlantCARE  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 서로 다른 435개의 식물 전사지점과 159개 이상의 식물 프로모터에 관한 정보
국가 : 벨기에
기관 : VIB‐Flanders Interuniversity Institute for Biotechnology
다운로드 :
내용 : PlantCARE는 식물의 enhancers 그리고 repressors와 같은 cis‐acting 조절인자에
관한 데이터베이스이며 프로모터 서열의 인실리코 분석법에 대한 tool의 포탈을 제공한다.
 
PlantProm
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 305종류의 식물 프로모터
국가 : 영국
기관 : 로얄 할로웨이 대학 컴퓨터 과학과, Softberry Inc.
다운로드 :
내용 : 로얄 할로웨이 대학 컴퓨터 과학과의 Bioinformatics에 있는 데이터베이스이며
식물 프로모터 서열에 관한 정보를 제공한다. PlantProm DB는 다양한 식물 종으로부터
실험적 결과를 통해 얻어낸 전사시작점, TSS, 그리고 RNA polymerase II에 대한
프로모터서열에 관한 정보를 축적하고 있다.

PRODORIC
Motivation :
개발 프로그램 : Javascript
데이터 건수 :
국가 : 독일
기관 : Bioinformatics Competence Center Braunschweig
내용 : PRODORIC(Prokaryotic database of gene regulation)는 원핵생물의 전사 조절기작에
초점을 맞춘 분자 네트워크에 대한 포괄적인 데이터베이스이다. PRODORIC는 웹 페이지를
통해서 다양한 생물정보학 관련 tools와 유용한 링크를 제공한다.
 
PromEC  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 471건
국가 : 이스라엘
기관 : The Hebrew University of Jerusalem
다운로드 :
내용 : 예루살렘 대학 Hanah Margalit's Lab 홈페이지(http://margalit.huji.ac.il/)내에 구축된
데이터베이스로 대장균의 mRNA 프로모터 서열과 전사시작점에 대한 정보를 제공한다.
 
RegulonDB  
Motivation :
개발 프로그램 : Javascript
데이터 건수 :
국가 : 멕시코
기관 : Center for Genomic Sciences, National Autonomous University
다운로드 :
내용 : RegulonDB는 대장균내에서의 전사 조절 기작, 오페론의 구조 그리고 생리학적
상태에서의 유전자 발현 조절 기작에 관한 정보가 포함된 데이터베이스이다.
RegulonDB는 염색체와 오페론, 전사 단위, 그리고 유전자들을 시각적으로 관찰할 수 있는
Java Interface Tool을 제공한다.
 
rSNP Guide  
Motivation :
개발 프로그램 : Java‐script applet
데이터 건수 :
국가 : 러시아
기관 : Institute of Cytology and Genetics, SB RAS
다운로드 :
내용 : 조절 유전자 부분에서 nuclear proteins와 상호작용을 하는 단일 nucleotide의 다양성과
변화(돌연변이)에 의해 나타나는 질병 등에 관한 정보를 제공한다.

SCPD ‐ Saccharomyces cerevisiae promoter database
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : 콜드 스프링 아보 연구소
다운로드 :
내용 : SCPD는 Saccharomyces cerevisiae의 프로모터에 대한 데이터베이스이다.
SCPD는 효모 유전체의 프로모터 부위에 존재하는 유전자와 조절인자 그리고
전사인자에 대한 정보와 관련 tool을 제공한다.

SELEXdb  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 85건의 논문에서 선정된 105 건의 DNA/RNA 서열 정보
국가 : 러시아
기관 : IC&G SB RAS, Laboratory of Theoretical Genetics
내용 : SELEXdb는 시험관내에서 무작위적으로 선정된 DNA/RNA 서열에 대한 주석을
제공하는 데이터베이스이다.

SKY/M‐FISH and CGH  
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : NCBI, NCI
내용 : 각각의 염색체를 다른 색소로 물들이는 것으로 핵 형을 결정하는 Spectral Karyotyping
(SKY)와 2색의 형광 색소를 사용해 염색체의 변이(삽입·결질·증폭 등)를
검출하는 Comparative Genomic Hybridization(CGH)의 데이터베이스로
NCBI와 NCI(National Cancer Institute)가 관리·운영하고 있다.

TESS
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : Computational Biology and Informatics Laboratory in the University of Pennsylvania
다운로드 :
내용 : TESS는 DNA 서열내의 전사인자 부착점에 관한 정보를 알아볼 수 있는 web tool 이다.
TESS는 3개의 데이터베이스(TRANSFAC, IMD, 그리고 CBIL‐GibbsMat)를 통합하고 있으며
전사인자 그리고 binding site models, 서열의 검색, positional weight matrix(PWM) models에
대한 정확한 정보를 제공한다.

TRACTOR db
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 4,331 sites, 257 전사인자
국가 : 브라질, 쿠바, 멕시코
기관 :
다운로드 :
내용 : TRACTOR_DB는 여덟 종의 gamma‐proteobacterial genomes(Escherichia coli K12,
Haemophilus influenzae, Salmonella typhi, Salmonella typhimurium, Shewanella oneidensis,
Shigella flexneri, Vibrio cholerae 그리고 Yersinia pestis)의 전사인자 부착점에 대한 정보를
보유한다.

TRANSCompel®
Motivation :
개발 프로그램 : Linux, mySQL, Apache mod_perl
데이터 건수 :
국가 : 독일
기관 : BIOBASE
다운로드 :
내용 : TRANSCompel®는 유전자 조절에 관련된 정보와 생명과학산업에 필요한 tool와
소프트웨어를 제공하는 BIOBASE내의 데이터 베이스이다.
TRANSCompel®은 진핵생물 유전자 발현에 관계되는 복합적인 조절 인자에 대한 정보를
제공한다.

TRANSFAC®
Motivation :
개발 프로그램 : mySQL, Apache mod_perl
데이터 건수 :
국가 : 독일
기관 : BIOBASE
다운로드 :
내용 : TRANSFAC®은 유전자 조절에 관련된 정보와 생명과학산업에 필요한 tools와
소프트웨어를 제공하는 BIOBASE내의 데이터 베이스이다.
TRANSFAC®은 진핵생물에서 전사인자와 유전자 간의 상호작용과 이들이 유전자 발현에 어떠한
영향을 주는지에 관한 정보를 제공하는 데이터베이스이다.

TRANSPATH®
Motivation :
개발 프로그램 : mySQL, Apache mod_perl
데이터 건수 :
국가 : 독일
기관 : BIOBASE
다운로드 :
내용 : TRANSPATH®는 유전자 조절에 관련된 정보와 생명과학산업에 필요한 tools와
소프트웨어를 제공하는 BIOBASE내의 데이터 베이스이다.
TRANSPATH®는 유전자 발현 네트워크에 관련된 신호전달체계에 관한 자세한 정보와 함께
시각화와 분석에 필요한 tool을 제공한다.

Transterm
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 뉴질랜드
기관 : 오타고대학교, Health Research Council (HRC), Royal Society of New Zealand
다운로드 :
내용 : Transterm은 번역과 단백질 합성과 관련된 번역 조절에 대한 정보를 제공하는
데이터베이스이다. Transterm은 Genbank의 데이터로부터 생물학적으로 중요한 가치를 갖는
RNA 서열 에 대한 정보를 제공한다.

TRED ‐ Transcriptional Regulatory Element Database
Motivation : 전사(Transcription) 조절 인자 에 관한 통합 사이트의
구축과 관련 정보의 통합 및 증대
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 30,981 인간 유전자, 31,683 마우스 유전자,
26,064 Rat 유전자
국가 : 미국
기관 : Michael Zhang Lab, Cold Spring Harbor Laboratory
다운로드 :
내용 : TRED(Transcriptional Regulatory Element Database)는 전사에 관련된 조절인자들에
대한 정보를 제공하는 데이터베이스이다. TRED내의 정보는 Genbank, EPD 그리고 DBTSS와 같은
다른 데이터베이스와의 파이프라인을 통해서 구체화된다.

TRRD
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 러시아
기관 : Institute of Cytology and Genetics, SB RAS
다운로드 :
내용 : TRRD는 진핵생물 유전자의 전사 조절 부위에 대한 구조, 기능, 그리고 유기적 체계에 대한

축적된 정보를 제공하는 데이터베이스이다. TRRD는 실험적으로 증명된 정보들만이 포함된다.


TrSDB
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 에스파냐
기관 : IBB
내용 : TrSDB는 TranScout, TransMem, ProtLoc와  SWISS‐PROT, NCBI Refseq와 같은
데이터 소스에 의해 예상되는 모티프들을 기초로 하는 진핵생물 세포내 전사 인자들의
Proteome(단백질체) 관련 데이터베이스이다. TranScout, TransMem, 그리고 ProtLoc의
Proteomes processing에 관련된 모든 정보를 자유롭게 다운로드 받을 수 있다.


 


 


        
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