Tool 관련 예제

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Tool  이름 BLAST (Basic Local Alignment Tool) Localblast09-4.gif
주        소 (web) BLAST - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
(local) BLAST - ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/
Web tool/application Web 과 local 둘 다 가능
국        가 미국
기        관 National Center for Biotechnology Information (NCBI)
사용자 환경 window, linux, COMPAQ/HP alhamachine, SGI system 등 다양
버        전 2.2.14
입력   형태 Fasta format
출력   형태 web상으로는 바로 볼 수 있고, local은 임의로 지정 가능
내       용 BLAST는 서열들 중에서 local 유사성을 갖는 부위를 찾는다. 이 프로그램은 서열 데이타 베이스에서 nucleotide 또는 단백질 서열을 비교하고 매치된 것들의 통계적인 중요성을 측정한다. BLAST는 유전자 family들의 구성원들을 확인하는데 도움을 주는 것처럼 서열들 사이의 기능과 진화적인 관계를 추론하는데 사용될 수 있다.

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.  

설치 및  사용방법 <Local BLAST 설치> - BLAST는 web이 아닌 사용자의 컴퓨터 내에서 설치/사용이 가능하다

1. 먼저 FTP 사이트인 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release/2.2.14/ 에서 최신 버전의 BLAST를 다운 받는다


Localblast01-1.gif

→ 여러가지 버전 중 linux에서 사용이 가능한 버전으로 다운 받는다 (사용환경에 따라 선택 할 수 있다.)


2. BLAST 프로그램을 linux의 사용자 계정에 복사 후 압축을 푼다.


Localblast02.gif

→ linux에 복사 후 압축을 푼다

 

<Local BLAST를 이용한 Sequence Search>

 

1. 먼저 검색할 서열 데이타베이스를 FTP 사이트인 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/ 에서 다운 받는다.


Localblast03-1.gif

→ 사용목적에 따라 row data를 받거나 Fata 형식의 데이타를 받아도 된다 (사용목적에 따라 선택이 가능하다)


2. Fasta_DB를 linux의 사용자 계정에 옮긴 후 압축을 푼다.


3. comfile 및 format_db를 만든다.


Localblast04-1.gif

→ BLAST를 실행하기 위해서는 DB를 format_db로 변환해 주어야 한다. 이는 검색 속도의 향상을 위해 필요하다.

  (사용환경에 따라 명령어 입력은 달라질 수 있다 - PATH 등의 설정에 따라 달라 질 수 있다.)


Localblast05.gif

→ format_db로 변환된 그림


4. Search 서열을 문서 형식으로 만들어 준다.


Localblast06.gif

→ fatsa format 으로 서열 세트를 만든다.


5. BLAST를 이용하여 search를 한다.


Localblast07-1.gif

→ 사용 linux에 따라 명령 형식은 달라 질 수 있다. (path 지정에 따라)


6. vi edit 등을 이용하여 결과를 확인한다.

Localblast08.gif

→ 결과는 web 형식과 같음을 보인다.




<Local BLAST를 이용한 Sequence Search>
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