Protein structure
From Biocourse
PDB – Protein Data Bank
URL : http://www.rcsb.org/pdb/
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : X‐ray Diffraction and other – 28,040, NMR – 4,783
국가 : 미국
기관 : RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)
내용 : RCSB(http://www.rcsb.org/index.html)에 의해 운영되고 있는 PDB는 X‐선 결정학,
NMR 방법, 그리고 분자 모델링 등 기타 실험적으로 밝혀진 생체 내 거대분자들의 3차 구조에
대한 정보를 포함한다. PDB는 생체 고분자 구조의 대명사로 쓰일 만큼 생명과학 분야에서는
범용성을 갖고 있다.
PDB‐REPRDB
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 일본
기관 : Computational Biology Research Center (CBRC)
다운로드 :
내용 : PDB‐REPRDB는 PDB(Protein Data Bank)의 데이터를 재편성하여
전형적인 단백질 사슬과 비슷한 단백질 사슬 그룹에 대한 정보를 제공한다.
SWISS‐MODEL Repository
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 675,573 모델
국가 : 스위스
기관 : 스위스 생물정보학 연구소
다운로드 :
내용 : Swiss Institute of Bioinformatics의 Biozentrum Basel에 의해서 개발되었으며
단백질 아미노산 서열의 입력을 통해서 예측된 분자 구조를 얻을 수 있게 해준다.
3D‐Genomics
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 2,901,022개 서열, 173개 유전체
국가 : 영국
기관 : 런던 임페리얼 컬리지, 런던대학교, EBI
다운로드 :
내용 : 3D‐Genomics는 e‐Protein project를 통해 만들어진 데이터베이스의 하나로
여러 유기체의 단백체 구조에 관한 주석을 포함하는 데이터베이스이다.
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
국가 :
기관 :
다운로드 :
내용 : molecule 3D structure viewers
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : Structural Classification Of Proteins
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : fold classification based on structure-structure alignment of proteins
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : homology modeling server
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : 3D structure alignment server
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : defines secondary structure and solvent exposure from 3D coordinates
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : sequence analysis and structure prediction
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : transmembrane helix prediction
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 :
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기관 :
다운로드 :
내용 : Topology prediction of membrane proteins (Stockholm University)
