Phylogeny reconstruction

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Eclair 
주소: http://eclair.btk.fi/

Web server/ application : web server
국가명 :
만든곳 :
사용자 환경 :
버전 :
입력 형태:
출력 형태:
내용 : 최초로 EST들에 대한 종 기원의 분류를 위해 연구된 Eclat (EST Classification Tool) support vector machine(SVM)을 수행하는 웹 서버이다. 

PHYML
Web tool / application : web tool, application (http://atgc.lirmm.fr/phyml/binaries.html)
국가명 : 프랑스
만든곳 : LIRMM
사용자 환경 : Linux, SunOS, Mac OSX, Windows systems
버전 : 2.4.4
입력 형태: 정렬된 DNA 또는 아미노산 서열의 PHYLIP file
출력 형태:
내용 : 최대우도추정법 (Maximum likelihood method)을 사용하여 서열 정열된 결과로부터 계통 트리를 구성하는 프로그램이다.

Clann
주소 : http://bioinf.may.ie/software/clann/
Web tool/ application
 : application
국가명 : 아일랜드
만든곳 : Bioinformatics and Pharmacogenomics Laboratory, Department of Biology, National University of Ireland Maynooth
사용자 환경 : Linux, Apple Macintosh OS X and Windows
버전: 3.0.1
입력 형태
 : 
출력
 형태 : 
내용
 : Clann은 phylogenetic 정보를 supertrees의 application을 통해 조사하는 방법을 제공한다.


기본적인 계통수작성법:

1. Alignment (ClustalX)
2. Editing sequence aligned (BioEdit, GeneDoc)
3. Construct tree (Mega)

cf> General-common-packages : PAUP, PHYLIP, MEGA etc…

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