N-mer profiling perl script

From Biocourse

N-mer profiling is basic but useful tool for bioinformatics.
Below perl script is a simple source which shows the n-mer counts in your seqeunce with an user-defined length(N).
Save it with name.pl and run the script with 'perl name.pl' in the prompt.

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# File Description:
#   Script to make profiles for n-mer
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# Author:  Areum Han (arhan@ucla.edu)
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# Main
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$inputseqeunce = "UUUUUUUAaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttttttttttttttccccccccccc";
$N = 6;
&generateNmerProfile();

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# GenerateNmerProfile
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sub generateNmerProfile()
{
   $inputseqeunce = "UUUUUUUAaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttttttttttttttccccccccccc";
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   # ClearInputSequences
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   $inputseqeunce =~ tr/[A-Z]/[a-z]/;
   $inputseqeunce =~ tr/[u]/[t]/;
   #print $inputseqeunce;

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   # MakeMatrixOfNmer
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   for($i= 0; $i<$N;$i++){
    $start = $start.'0';
   }
   #print $start;
   
   $end = $start;
   $end =~ tr/[0]/[3]/;
   #print $end;

   my %hash = ();
   $count = 0;
   for($key = $start;$key<=$end;$key++){
       if(&hasNumberGreaterThanThree($key)eq("0")){
        if(length($key)!=$N){    
            $key = &attachZero($key, $N-length($key));
        }
        $key1 = &changeToDNA($key);
        $count =  $count +1;
        #print $key1."\n";
        $hash{ $key1 } = 0;
    }
   }
   #print $count;
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   # CountNmer
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   for($j=0;$j<=length($inputseqeunce)-$N;$j++){
       $nmer = substr($inputseqeunce, $j, $N);
    $value = $hash{$nmer};
      $hash{$nmer} = $value + 1;
   }
   # print $hash{tttttt};
 
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   # OutputResult
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   for my $key ( keys %hash ) {
            my $value = $hash{$key};
            print "$key\t$value\n";
    }
}
sub hasNumberGreaterThanThree(){
        my $number = shift(@_);
    if($number =~ m/[4-9]/){return "1";}
        else{return "0";}
}
sub attachZero(){
    my $string = shift(@_);
    my $number = shift(@_);   
    for($i=0;$i<$number;$i++){ $string = "0".$string;}
    return $string;
}
sub changeToDNA(){
    my $string = shift(@_);
    $string =~ tr/[0]/[a]/;
    $string =~ tr/[1]/[t]/;
    $string =~ tr/[2]/[g]/;
    $string =~ tr/[3]/[c]/;
    return $string;
}