Multiple sequence alignment in parallel on a workstation cluster

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국가명 : 오스트레일리아

만든곳 : 오스트레일리아 대학

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Contents : 다중 서열 정렬은 연속의 집합으로부터 가능한 많은 특성으로서

어울리기 위해 최적의 방법에서 더 많은 DNA나 아미노산 연속을 정렬하는 셋 이상의

NP-hard 문제입니다. 인기있는 일렬 정렬 정돈한 설정 프로그램 ClustalW는 거리 주

형을 계산하고 그리고 그 연속 발달의 관계를 보여주기 위해 안내자 tree를 구성하

는 첫번째까지 연속 일렬 정렬 정돈한 선 노선 설정을 다가가는 고전의 방법을 사용합

니다. 우리는 ClustalW 알고리즘이 할 수 있는 parallelizing이 결과적으로 중요한

speedup을 결과적으로 보여줍니다. 우리는 이행을 위해 인터페이스를 지나

가는 C와 메시지를 사용하는 워크스테이션의 클러스터를 사용했습니다. 실험에 의거한

결과는 여섯 프로세서에 대한 5.5의 speedup이 대부분의 입력을 위해 얻을 수 있음을

보여줍니다.

Multiple sequence alignment is the NP-hard problemof aligning three or more

DNA or amino acid sequences in anoptimal way so as to match as many characters

as possible fromthe set of sequences. The popular sequence alignment program

ClustalW uses the classical method of approximating a sequencealignment, by first

computing a distance matrix and then constructinga guide tree to show the

evolutionary relationship of the sequences.We show that parallelizing the ClustalW

algorithm can resultin significant speedup. We used a cluster of workstations

usingC and message passing interface for our implementation. Experimental

results show that speedup of over 5.5 on six processors is obtainablefor most

inputs.