Medaka

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MEPD : a resource for medaka gene expression patterns
  • 주소 : <html>http://www.embl-heidelberg.de/mepd/</html>
  • Web tool/ application : web tool
  • 국가명 : 독일, 프랑스, 일본, 미국
  • 만든곳 : EMBL Heidelberg Meyerhofstrasse 1, D-69117 Heidelberg, Germany
                  INSERM E363, Faculty of Medicine, France
                  UPR CNRS 2197, Institut de Neurobiologie A. Fessard 91198, Gif/Yvette, France
                  Max-Planck-Institut für Molekulare Genetik, Germany
                  Department of Molecular Biology, Keio University School of Medicine, Japan

                  ZFIN, University of Oregon, USA
                  Japan Science and Technology Agency, ERATO Kondoh Differentiation Signaling Project/SORST Kondoh Research Group, Kinki-chihou Hatsumei Center, Japan

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  • 내용 : MEPD(Medaka Expression Pattern Database)는 작은 담수어인 송사리 (Oryzias latipes)에서 in situ hybridization에 의해 결정된 유전자 발현 패턴을 위한 데이터베이스이다. 데이터는 다양한 연구 기관으로부터 수집되었고 MEPD는 송사리 군집에서 주요한 발현 패턴 저장소를 개발한다. 유전자 발현 패턴은 개방된 생물학적 온톨로지를 허가하고 이 목적을 위해 개발한 4000개가 넘는 자세한 송사리 해부 온톨로지 용어와 이미지에 의해 묘사된다. 서열은 BLAST 매치 결과와 유전자 온톨로지 용어에 의해 주석이 달아진다. 이런 새로운 특징들은 생물정보학적인 접근을 사용한 데이터 분석을 촉진하고 유전자 발현 패턴의 이종(異種)간 비교를 허가한다. 현재 MEPD는 19757개의 엔트리를 가지고 있으며 그 중에 1024개는 발현 패턴이 결정되었다.
 
The Medaka Expression Pattern Database (MEPD) is a database for gene expression patterns determined by in situ hybridization in the small freshwater fish medaka (Oryzias latipes). Data have been collected from various research groups and MEPD is developing into a central expression pattern depository within the medaka community. Gene expression patterns are described by images and terms of a detailed medaka anatomy ontology of over 4000 terms, which we have developed for this purpose and submitted to Open Biological Ontologies. Sequences have been annotated via BLAST match results and using Gene Ontology terms. These new features will facilitate data analyses using bioinformatics approaches and allow cross-species comparisons of gene expression patterns. Presently, MEPD has 19 757 entries, for 1024 of them the expression pattern has been determined.
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