Gene structure, introns and exons, splice sites
From Biocourse
ASAP ‐ Alternative Splicing Annotation Project
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 6,201 alternative splice relationships
국가 : 미국
기관 : 캘리포니아 대학 Leelap
내용 : 전사과정 이후 pre‐mRNA의 splicing을 통해 나타나는 다양한 mRNA에 관한 정보와
Expressed Sequence Tags (ESTs)에 대한 정보를 제공하는 데이터베이스.
ASD ‐ Alternative Splicing Database
URL : http://www.ebi.ac.uk/asd
Motivation : 다양한 선택적 스플라이싱(alternative splicing)
기작에 대한 이해
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 영국
기관 : EMBL‐EBI
다운로드 :
내용 : EBI에 의해 수행되고 있는 Alternative Splicing Database (ASD) 프로젝트는
인간과 다른 종에서 나타나는 다양한 선택적 스플라이싱(alternative splicing) 기작에 대한
이해를 그 목적으로 하며 그와 관련된 정보를 제공한다.
ASDB ‐ Alternative Splicing Database
Motivation : alternatively spliced genes에 관한 정보의 수집과
이용하기 쉬운 대중적인 사이트의 구축
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : Lawrence Berkeley National Laboratory
다운로드 :
내용 : Alternative pre‐mRNA splicing에 관한 데이터베이스이며 아미노산 서열에 관한
ASDB(단백질)와 유전자 염기서열에 관한 ASDB(nucleotides)로 나누어진다.
일반적인 형태의 선택적 스플라이싱(alternative splicing)에 대한 분류와 비정상적인 splicing,
그리고 splicing에 관련된 돌연변이에 관한 정보가 추가될 예정이다.
ASHESdb
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 사람 – 1,229 유전자, 9,049 spliced variants,
마우스 – 1,197 유전자, 4,794 spliced variants
국가 : 싱가폴
기관 : Agency for Science, Technology and Reasearch
다운로드 :
내용 : 각 유전자에 대한 유전자 지도상의 위치와 구조, splice 다양성,
그리고 조직에 대한 정보를 제공하는 데이터베이스.
EASED ‐ Extended Alternatively Spliced EST Database
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 1천8백만 건 이상(in Genbank)
국가 : 독일
기관 : Max Delbrück Center for Molecular Medicine (MDC)
다운로드 :
내용 : BLAST를 이용한 high‐scoring ESTs와 mRNA, 그리고 EnsEMBL 데이터베이스로부터의
데이터베이스이다. GenBank 또는 EnsEMBL의 승인번호나 키워드를 통해서 이용할 수 있다.
Ecgene
Motivation :
개발 프로그램 : Java 2 Runtime Environment
데이터 건수 :
국가 : 대한민국
기관 : Ewha Lab of Bioinformatics
내용 : 미국 UCSC 대학 게놈정보센터의 정규트랙으로 이화여대 분자생명과학부 이상혁 교수팀에
의해서 개발된 유전자 모델링 기술이다. lternative splicing을 예측하고 찾아낼 수 있는 분석 tool을
제공하며 분석 tool의 소스가 모두 공개되어있다. 1개의 염색체에서부터 많게는 수백 개에 이르는
염색체가 들어가거나 없어지는 현상을 효과적으로 계산할 수 있다.
EDAS ‐ EST‐Derived Alternative Splicing Database
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 러시아
기관 : Department of Bioengineering and Bioinformatics, Moscow State University
다운로드 :
내용 : EDAS 유전체, 단백질, mRNA, 그리고 EST 데이터를 통해서
선택적 스플라이싱(alternative splicing)을 추론하는 데이터베이스이다.
FESD ‐ Functional Element SNPs Database
Motivation : 통합 DB구축 및 분석 시스템 등의
국가적 생물정보인프라의 확보
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 5’ UTR 4,329,509bp, 3’ UTR 19,173,314bp. Etc.
국가 : 대한민국
기관 : 한국생명공학연구원 국가유전체정보센터
다운로드 :
내용 : 한국생명공학연구원 국가유전체정보센터에서 관리하는 데이터베이스.
유전자 기능검색 시스템과 영장류 염색체 별 비교유전자 데이터베이스,
국내 SNP(단일염기변이) 데이터와 미국ㆍ일본의 SNP데이터를 비교ㆍ분석하는 시스템 제공.
HS3D ‐ Homo Sapiens Splice Sites Dataset
Motivation : 유전자의 분류와 동정에 필요한 표준화된 정보의 제공
개발 프로그램 :
데이터 건수 : 162,557 종류의 인간 DNA
국가 : 이탈리아
기관 : Salvatore Rampone
내용 : HS3D (Homo Sapiens Splice Sites Dataset)는 GenBank primate sequences
Rel.123으로부터 추출된 Homo Sapiens Exon, Intron, Splice regions에 관한 데이터베이스이다.
SpliceDB
Motivation : 포유류 유전자 내의 canonical과
non‐canonical splice site에 대한 정보의 제공
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : softberry Inc.
내용 : SpliceDB는 유전자의 발현, 기능, 분류 등에 필요한 소프트웨어를 개발하는
Softberry 내에 위치한 데이터베이스로 포유류 유전자의 canonical 그리고
non‐canonical splice site 서열에 관한 정보를 제공한다.
SpliceNest
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 독일
기관 : MAX PLANCK INSTITUTE FOR MOLECULAR GENETICS
다운로드 :
내용 : EST 데이터를 통한 유전자 splicing의 시각화에 관련된 tool의 제공
Xpro
Motivation :
개발 프로그램 : MySQL
데이터 건수 :
국가 : 싱가폴
기관 : National University of Singapore (NUS)
내용 : Xpro는 NCBI GenBank내의 단백질을 코딩하는 모든 진핵생물 DNA 서열을 포함하는
데이터베이스이다. Xpro는 인트론을 포함하거나 인트론이 없는 유전자에 대한 자세하고
포괄적인 정보를 제공한다. Xpro는 GenBank의 dbEST와 함께 SWISS‐PROT/TrEMBL와
Pfam 데이터베이스와도 연계가 되어있다.
Yeast Intron Database
Motivation :
개발 프로그램 :
데이터 건수 :
국가 : 미국
기관 : 미 캘리포니아 주립대 Ares Lab
다운로드 :
내용 : Saccharomyces cerevisiae의 spliceosomal introns의 위치, 구조, 기능 등에 관한
정보를 포함하는 데이터베이스이다. Version 3.0에는 불필요한 splicing 요소가 제거된
효모 균주를 이용한 다른 과정과 연계한 splicing의 능률에 관한 정보가 포함되었다.
