ConFind
From Biocourse
주소 : http://www.colorado.edu/chemistry/RGHP/software/
Web tool/ application : application
국가명 : 미국
만든곳 : Department of Chemistry and Biochemistry, The University of Colorado
사용자 환경 :
버전: 1.0
입력 형태 :
출력 형태 :
내용 : ConFind (conserved region finder)는 진단 타겟을 도울 수 있는 다양한 서열 alignment들에서 보존의 지역들을 밝힌다. 가깝게 연관된 많은 극도로 변하기 쉬운 서열들에 대한 연구를 위해 디자인된 ConFind는 부분적인 서열과 모호한 성질들을 포함하는 alignment의 확고한 조절을 제공한다. 보존된 서열들은 최소부위 길이와 위치에 대한 최대 정보의 엔트로피, 보존된 부위에서의 포함물을 위해 고려된 위치에서의 명확한 성질을 반드시 포함하는 최소의 서열들과 최대의 엔트로피 기준을 허가하는 예외의 수의 용어들로 정의된다. Comparison of the calculatedentropy for an alignment of 95 influenza A hemagglutinin sequenceswith random deletions results in a 98% reduction in the averageerror in ConFind relative to the ‘Find Conserved Regions’option in BioEdit.
Web tool/ application : application
국가명 : 미국
만든곳 : Department of Chemistry and Biochemistry, The University of Colorado
사용자 환경 :
버전: 1.0
입력 형태 :
출력 형태 :
내용 : ConFind (conserved region finder)는 진단 타겟을 도울 수 있는 다양한 서열 alignment들에서 보존의 지역들을 밝힌다. 가깝게 연관된 많은 극도로 변하기 쉬운 서열들에 대한 연구를 위해 디자인된 ConFind는 부분적인 서열과 모호한 성질들을 포함하는 alignment의 확고한 조절을 제공한다. 보존된 서열들은 최소부위 길이와 위치에 대한 최대 정보의 엔트로피, 보존된 부위에서의 포함물을 위해 고려된 위치에서의 명확한 성질을 반드시 포함하는 최소의 서열들과 최대의 엔트로피 기준을 허가하는 예외의 수의 용어들로 정의된다. Comparison of the calculatedentropy for an alignment of 95 influenza A hemagglutinin sequenceswith random deletions results in a 98% reduction in the averageerror in ConFind relative to the ‘Find Conserved Regions’option in BioEdit.
BioEdit에서 ‘Find Conserved Regions’ 옵션과 연관된 ConFind에서 평균 에러의 98% 환원에서 랜덤 결실 결과
ConFind (conserved region finder) identifies regionsof conservation in multiple sequence alignments that can serveas diagnostic targets. Designed to work with a large numberof closely related, highly variable sequences, ConFind providesrobust handling of alignments containing partial sequences andambiguous characters. Conserved regions are defined in termsof minimum region length, maximum informational entropy (variability)per position, number of exceptions allowed to the maximum entropycriterion and the minimum number of sequences that must containa non-ambiguous character at a position to be considered forinclusion in a conserved region. Comparison of the calculatedentropy for an alignment of 95 influenza A hemagglutinin sequenceswith random deletions results in a 98% reduction in the averageerror in ConFind relative to the ‘Find Conserved Regions’option in BioEdit.
