CAAT-box, contigs-Assembly and annotation Tool-Box for genome sequencing projects
From Biocourse
Address :
Web tool/ application : application
국가명 : 프랑스
만든곳 :
사용자 환경 :
Version :
Input format :
Output format :
Contents : cotigs-Assembly, 그리고 Annotation Tool-Box (CAAT-Box)는 그 연속
이 shotgun 전략에 의해 얻어지는 genome 계획의 계산적인 부분으로 개발된 소프트
웨어 패키지입니다. CAAT-Box는 유사성을 사용하는 것에 의한 contigs 사이의 links
가 다른 전 genome 연속으로 탐색한다는 것을 예측하기 위해 새로운 도구를 포함합
니다. 가장 중요하게도, 그것은 genome의 주석이 gene-oriented 전략을 사용하는 최
후의 단계 동안 시작되는 것을 허락합니다. 이 목적 동안, CAAT-Box는 집회의 각각
의 ORF 동안의 Individual Protein 화일 (IPF)을 새로 만듭니다. IPF로 보고된
nucleotide 연속은 ORF의 앞에 있는 부가적인 500개의 기초와 200개의 기초 일련의 ORF
와 일치합니다. 주석 때문에, Blast 결과와 같은 부가적인 정보는 더하여지거나 IPF와
자동적이고 손인 주석에 연결될 수 있습니다. 새로운 연결된 집회가 수행될 때, CAAT-Box는 오래된 IPF 판자에게 조화되는 새로운 IPF를 새로 만듭니다. CAAT-Box는 각각의 집회 후에 새로운 자동적인 분석을 위해 사용된 유일한 것인 변경된 연결된 IPF를 인식합니다. 이 전략을 사용하면서, IPF의 그룹을 가지는 사용자 일은 진행을 그 폐쇄에 무관하게 단계적으로 체계를 따릅니다. IPF는 웹 서버에 의해 접근할 수 있고 그러므로 할 수 있고 다른 그룹은 수정되고 논평됩니다.
Contigs-Assembly and Annotation Tool-Box (CAAT-Box)is a software package
developed for the computational part ofa genome project where the sequence is
obtained by a shotgunstrategy. CAAT-Box contains new tools to predict links
betweencontigs by using similarity searches with other whole genomesequences.
Most importantly, it allows annotation of a genometo commence during the
finishing phase using a gene-orientedstrategy. For this purpose, CAAT-Box
creates an Individual Proteinfile (IPF) for each ORF of an assembly. The
nucleotide sequencereported in an IPF corresponds to the sequence of the ORF
with500 additional bases before the ORF and 200 bases after. Forannotation,
additional information like Blast results can beadded or linked to the IPFs as well
as automatic and/or manualannotations. When a new assembly is performed,
CAAT-Box createsnew IPFs according to the old IPF panel. CAAT-Box
recognizesthe modified IPFs which are the only ones used for a new automatic
analysis after each assembly. Using this strategy, the userworks with a group of
IPFs independently of the closure phaseprogression. The IPFs are accessible by a
web server and cantherefore be modified and commented by different groups.
