BlastAlign

From Biocourse

Jump to: navigation, search

BlastAlign (A program that uses blast to align problematic nucleotide sequences)

Address : http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software/blastalign (Web Server)

                  <html>http://www.bio.ic.ac.uk/research/belshaw/BlastAlign.tar</html> (Application)
Web tool/ application : application
국가명 : 영국
만든곳 : Department of Zoology, University of Oxford
사용자 환경 : LINUX, Mac OSX, DOS, UNIX

                  (이 프로그램은 Perl, Python을 필요로 하는데 Perl, Python은 UNIX에 가장 적합하다. 또한 NCBI blastn의 인스톨이 필요하다.)
버전: 1.0
입력 형태 : 
출력 형태 : 
내용 : BlastAlign은 두개이상의 DNA 다중 서열 정렬을 만들기 위해 NCBI의 blastn를 이용한다. 이 프로그램은 가장 적합한 대표 서열을 선별하고 이 서열에서 blastn query-anchored multiple alignment를 추출한 것으로부터 시퀀스 간에 상동성을 나타내는 부분의 매트릭스를 만든다. 그 매트릭스는 프린트되고 하위그룹들은 시각적으로 식별할수 있게되며, 옵션으로써 특정 서열을 가장 대표되는 서열로 사용하게끔 할 수 있다. 부가적인 Perl 프로그램인 BlastAlignP는 단일 아미노산의 서열에서 DNA 서열을 정렬하기 위하여 tblastn을 사용한다.
Retrieved from "http://Biocourse.org/index.php/BlastAlign"