Biopython Scripts

From Biocourse

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Sequence 변환 관련 Script

   1. DNA sequence 를 Amino Acid sequence 로 변환 
   2. DNA sequence 를 RNA sequence 로 변환

Fasta 형식 파일 관련 Script 

   1. Fasta 형식의 file 에서 species 정보를 다른 file로 저장 
   2. Fasta 형식 file에서 Dictionary 생성 
   3. Fasta 형식 file의 Dictionary 에서 정보 읽어오기 

NCBI 관련 Script

   1. WWW를 통한 NCBI Database 검색 

Blast 관련 Script

   1. WWW를 통해 제공되는 NCBI 의 blast로 Fasta 형식의 데이터 처리 
   2. Local blast 를 이용하여 fasta 형식의 서열을 처리한 결과를 화면에 표시

Swiss-Prot 관련 Script

   1. Swiss-Prot database 로 부터 데이터 검색 (ID 이용) 
   2. Swiss-Prot database 에 검색어로 검색하여 ID 정보 얻기 

PubMed 관련 Script

   1. PubMed database 에 검색어로 검색하여 PMID 정보 얻기
   2. PubMed 에 검색어로 검색하여 결과를 화면에 출력 (Dictionary 이용)
   3. PubMed 를 검색하여 얻어낸 정보를 화면에 출력 (저자 찾기)

GenBank 관련 Script

   1. GenBank Database 를 검색어로 검색하여 GI 정보 얻기
   2. GenBank Database 를 검색어로 검색 후 결과를 화면에 출력 (Dictionary 이용) 
   3. GenBank Database 를 검색어로 검색하여 결과를 화면에 출력 ( parser 이용 )
   4. GenBank Database 를 검색어로 검색 후 결과를 화면에 출력 ( Iterator 이용 )

Clustalw 관련 Script

   1. Clustalw 프로그램으로 서열정렬한 정보를 화면에 출력 
   2. Clustalw 프로그램으로 다중서열정렬한 정보를 화면에 출력 (consensus sequence) 
   3. Clustalw 프로그램으로 다중서열정렬한 정보를 화면에 출력 (PSSM) 
   4. Clustalw 프로그램으로 다중서열정렬한 정보를 화면에 출력 (Information Content) 
   5. Clustalw 프로그램으로 다중서열정렬한 정보를 화면에 출력 (Frequency table)
   6. Clustalw alignment 형식의 파일을 fasta alignment 형식으로 변환