Biopython 설치하기

From Biocourse

1. 바이오 파이썬 설치에 앞서
 바이오 파이썬은  UNIX / Linux, 윈도우, 매킨토시 운영체제에서 그리고 파이썬이 설치되어 있는 상태에서 수행할수 있습니다.
 관련PDF문서와 HTML문서

2. 윈도우에서 설치하는 방법
 윈도우 운영체제에 설치하는것은 가장 간단하다.
 바이오 파이썬 다운로드 사이트 에서 biopython-1.42.win32-py2.4.exe를 다운받아서 클릭만하면 자동으로 정해진 경로(Lib/site-package)에 설치가 된다.

3. 유닉스/리눅스에 설치하는 방법
   바이오 파이썬 다운로드 사이트 에서 biopython-1.42.tar.gz 을 다운받아 다음과 같은 명령어를 순서대로 프롬프트에서 수행한다.
  
    # tar -xzvpf biopython-X.X.tar.gz  
     #   python setup.py install 

4. 그외 mxTextTools과 Numerical Python같은 바이오파이썬에 의존적인 모듈 두개는 필수적으로 설치하여야합니다. 그리고 ReportLab의 경우는 옵션입니다.

  mxTextTools 설치 순서
  # gunzip egenix-mx-base-2.0.6.tar.gz
  # tar -xvpf egenix-mx-base-2.0.6.tar
  # cd egenix-mx-base-2.0.6
  # python setup.py build
  # python setup.py install

  Numerical Python 설치 순서
  # gunzip Numeric-23.8.tar.gz 
  # tar -xvpf Numeric-23.8.tar
  # cd Numeric-23.8
  # python setup.py build
  # python setup.py install
  
  ReportLab(옵션) 설치 순서
  # gunzip ReportLab_1_20.tgz 
  # tar -xvpf ReportLab_1_20.tar
  # cd reportlab_1_20/
  # python setup.py build
  # python setup.py install
 
5. Biopython이 잘 설치 되었는지 확인

   Python 2.4 (#1, Dec  5 2004, 20:47:03)
  [GCC 3.3.3] on cygwin
  Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
  >>> from Bio.Seq import Seq
  >>> from Bio.Alphabet.IUPAC import unambiguous_dna
  >>> new_seq = Seq('GATCAGAAG', unambiguous_dna)
  >>> new_seq[0:2]
  Seq('GA', IUPACUnambiguousDNA())
  >>> from Bio import Translate
  >>> translator = Translate.unambiguous_dna_by_name["Standard"]
  >>> translator.translate(new_seq)
  Seq('DQK', HasStopCodon(IUPACProtein(), '*'))
  >>>