Bio.SeqRecord.SeqRecord
From Biocourse
Bio.SeqRecord.SeqRecord1. 종류
- class
2. 설명
- 주로 GenBank 형식의 자료를 저장한다.
- Fasta 형식의 자료 또한 저장할 수 있다.
- 따로 인스턴스를 생성하여 사용하기 보다는 메소드 들의 리턴값 형식으로써 주로 사용된다.
3. Initialize
- __init__(self, seq, id = "<unknown id>", name = "<unknown name>", description = "<unknown description>", dbxrefs = None, features = None)
- seq
: Bio.Seq.Seq 형식의 값을 전달받는다.
: 보통 Sequence 부분을 설정한다.
- id
: string 타입의 값을 전달받는다.
: Accession number 같이 ID 가 될 수 있는 값을 전달받는다.
- name
: string 타입의 값으로 sequence 의 이름을 전달받는다.
- description
: string 타입의 값을 전달받는다. sequence에 대한 일반적인 정보를 설정한다. Fasta 형식이라면 '>' 으로 시작하는 줄을 설정한다.
- dbxrefs
- features
: list 타입의 값을 전달받는다. sequence에서 어느 부분들에 대한 정보를 저장할 수 있는 Bio.SeqFeature.SeqFeature 형식의 list 이다.
4. Attribute
- seq
: string 타입이다. Sequence 부분을 저장한다.
- id
: string 타입이다. ID 가 될 수 있는 값을 저장한다. Version number 가 저장되기도 한다. parsing 후 확인해보는 것이 좋다.
- name
: string 타입이다. sequence 의 이름을 저장한다. Accession number 를 저장하기도 한다. 역시 parsing 후 저장된 내용을 직접 확인하는 것이 좋다.
- description
: string 타입이다. sequence에 대한 일반적은 정보를 저장한다. Fasta 형식이라면 '>' 으로 시작하는 줄을 저장한다.
- annotations
: dictionary 타입이다. description 에 저장된 정보 외에 부가적인 정보를 dictionary 형식으로 저장한다.
- dbxrefs
- features
: list 타입니다. list의 요소는 Bio.SeqFeature.SeqFeature 타입이다.
: sequence 의 어느 특징적인 부분에 대한 설명을 저장한다.
5. Method
