Bio.GenBank.NCBIDictionary

From Biocourse

Bio.GenBank.NCBIDictionary


1. 종류
    - class


2. 설명
    - Dictionary를 사용하는 스타일로 GenBank Database를 검색할 수 있도록 해준다.
    - 읽기만 가능한 Dictionary 를 제공한다. Object[key] 의 스타일로 사용한다. key 는 Genbank Identifier (GI)값이다.
    - GI 값은 같은 패키지 안의 search_for 함수를 사용하여 구할 수 있다. 


3. Initialize

    - __init__(self, database, format, parser = None)

        - database
            : string 타입이다. 데이터베이스를 지정한다. 가능한 값은 "nucleotide" 와 "protein" 이다.

        - format
            : string 타입이다. 검색결과의 문서형식을 지정한다.  
            : 가능한 값은 데이터베이스가 nucleotide 인 경우 "fasta" 와 "genbank" 이다. protein 인 경우는 "fasta" 와 "genpept" 이다.

        - parser
            : 검색결과의 문서형식에 따라 그에 맞는 parser 를 지정한다. "genbank" 형식일 경우는 Bio.GenBank.FeatureParser 등 을 사용할 수 있다.
            : "fasta" 형식일 때는 Bio.Fasta.RecordParser 를 사용할 수 있다.


4. Attribute


5. Method

    - get(self, id, failobj=None)
        : GI 값으로 Genbank 를 검색할 수 있게 한다. 하지만 이 method를 사용하기 보다는 dictionary 를 사용하는 형식을 취하도록 하자.

        - id
            : GI 값을 지정한다.

        - failobj
            : 에러 발생 시 표시할 내용을 지정한다.