Bio.GenBank
From Biocourse
Bio.GenBank1. 종류
- package
2. 설명
- GenBank 형식의 파일에 작용하는 코드를 제공한다.
- package 를 import 하면 package 의 __init__.py 파일 내에 있는 Class 나 Attribute, Function 에 접근할 수 있다.
- package 안의 다른 module 들에 대해서는 따로 import 해야 한다.
- 여기서는 Attribute 와 Function 에 대해서만 소개하고, class 는 따로 소개한다.
3. Initialize
- package 는 따로 initialize 하지 않는다.
4. Attribute
5. Function
- search_for(search, database='nucleotide', reldate=None, mindate=None, maxdate=None, start_id = 0, max_ids = 50000000)
: search 로 전달된 검색어로 검색한 후 GenBank Identifier(GI) 값을 반환한다. 반환값은 GI 값의 list 타입이다.
: 보통 search 와 database 값만 전달한다.
- search
: string 타입이다. 검색어를 지정한다.
- database
: string 타입이다. 검색할 데이터베이스를 지정한다. 지정 가능한 데이터베이스는 "nucleotide", "protein", "popset", "genome" 이다.
- reldate
: 검색조건으로 지금보다 얼마나 이전까지 검색할지를 지정한다.
- mindate
: 검색결과에 대한 하한 날짜 기준을 지정한다.
- maxdate
: 검색결과에 대한 상한 날짜 기준을 지정한다.
- start_id
- max_ids
: 검색결과(GI)의 최대갯수를 지정한다.
