Bio.Fasta.Iterator

From Biocourse

Bio.Fasta.Iterator

1. 종류
    - class


2. 설명
    - 파일 내에 많은 Record가 있을 경우, 파일의 내용을 Record 단위로 순차적으로 읽어들인다.
    - 이 작업을 해주는 method 가 next( )이다.
    - Fasta 파일 안에 Fasta 포멧 형식의 sequence 가 다수일 때 그 각각의 sequence 를 처리하고자 할 때 사용한다.


3. Initialize

    - __init__(self, handle, parser = None, debug = 0)

        - handle
            : 파일 handle 을 입력받는다.

        - parser
            : Bio.Fasta.RecordParser 나 Bio.Fasta.SequenceParser 형식의 값을 설정한다.

        - debug
            : 보통은 다른 값을 설정하지 않는다.


4. Attribute



5. Method

    - next(self)
        : 인스턴스 생성시 parser의 설정에 따라 리턴값이 달라진다.
        : 설정하지 않으면 string 타입을 리턴한다. RecordParser 는 Bio.Fasta.Record 형식, SequenceParser 는 Bio.SeqRecord.SeqRecord 형식을 리턴한다.