Bio.Fasta.FastaAlign.FastaAlignment
From Biocourse
Bio.Fasta.FastaAlign.FastaAlignment1. 종류
- class
2. 설명
- Fasta 형식의 alignment 를 저장하는 기능을 한다. 내부적으로 record 들을 Bio.SeqRecord.SeqRecord의 list 형식으로 가지고 있다.
- Bio.Align.Generic.Alignment 클래스를 상속받는다. 실제로 자료에 접근할 때 사용하는 것은 부모클래스의 Method 이다.
3. Initialize
- __init__(self, alphabet = Alphabet.Gapped(IUPAC.ambiguous_dna))
- alphabet
: Bio.Alphabet.Gapped 클래스의 인스턴스를 지정한다. Gapped 클래스는 Gap 에 '-' 표시로 채우게 한다.
4. Attribute
5. Method
- get_all_seqs(self)
: 리턴값은 list 타입이다. 내부에 저장하고 있는 모든 Record를 리턴한다. list의 각 element는 Bio.SeqRecord.SeqRecord 인스턴스이다.
- get_seq_by_num(self, number)
: 리턴값은 Bio.Seq.Seq 타입이다. get_all_seqs() 에서 리턴되는 값에 대해 index 를 이용하여 접근하게 한다.
- number
: interger 타입을 지정한다. 원하는 서열의 index 값을 지정한다.
- get_alignment_length(self)
: 리턴값은 integer 타입이다. 각 서열중에 가장 긴 서열의 길이를 리턴한다.
