Bio.Clustalw

From Biocourse

Bio.Clustalw

1. 종류
    - package


2. 설명
    - Clustalw 프로그램에 작용하는 모듈을 가지고 있다.
    - package 를 import 하면 package 의 __init__.py 파일 내에 있는 Class 나 Attribute, Function 에 접근할 수 있다.
    - package 안의 다른 module 들에 대해서는 따로 import 해야 한다.
    - 여기서는 Attribute 와 Function 에 대해서만 소개하고, class 는 따로 소개한다.


3. Initialize
    - package 는 따로 initialize 하지 않는다.


4. Attribute
   


5. Function

    - parse_file(file_name, alphabet = IUPAC.unambiguous_dna, debug_level = 0)
        : clustalw를 이용한 서열정렬 결과파일을 Bio.Clustalw.ClustalAlignment 타입으로 parsing 한다.

        - file_name
            : string 타입의 값을 전달받는다.
            : parsing 할 서열정렬 결과파일을 지정한다.

        - alphbet
            : string 타입의 값을 전달받는다.
            : Bio.Alphabet.IUPAC 에 정의되어 있는 속성들 중에서 지정한다.

        - debug_level


    - do_alignment(command_line, alphabet=None)
        : command_line 으로 전달되는 명령문을 실행시킨다. 리턴값은 Bio.Clustalw.ClustalAlignment 타입이다.

        - command_line
            : str(command_line) 에 의해 명령문을 만들어 낼 수 있는 클래스의 인스턴스을 지정한다.
            : clustalw 의 경우 Bio.Clustalw.MultipleAlignCL 클래스를 이용한다.

        - alphabet
            : Bio.Alphabet.IUPAC 에 정의되어 있는 속성들 중에서 지정한다.