Bio.Align.AlignInfo.PSSM
From Biocourse
Bio.Align.AlignInfo.PSSM1. 종류
- class
2. 설명
- PSSM 자료를 저장하는데 사용한다.
- Bio.Align.AlignInfo.SummaryInfo.pos_specific_score_matrix() 메소드의 리턴값 형식으로 주로 사용된다.
- 이 클래스는 자료를 직접 입력하기 보다는 method 에 의한 결과로 저장된 자료를 읽어보는 데 주로 사용된다.
- 이 클래스의 인스턴스는 class[key][key] 형식으로 값을 읽어올 수 있다.
- print 함수를 이용할 경우 특정 형식에 맞춰 저장되어 있는 내용이 출력된다.
3. Initialize
- __init__(self, pssm)
- pssm
: list 타입을 지정한다. 이 list 는 다음과 같은 형식이어야 한다.
: list[0]는 왼쪽 축을 따라 표시될 residue 문자(예 : consensus sequence 의 residue )이어야 하고,
: list[1]은 dictionary 형식으로 key는 치환문자(substitution letter), value 는 계산된 치환값(substitution count)이어야 한다.
4. Attribute
5. Method
- get_residue(self, pos)
: 특정 위치의 residue 문자를 반환한다.
- pos
: int 형식을 설정한다. 값을 얻고자 하는 특정 위치의 index 이다.
