BADASP
From Biocourse
Web tool/ application : application
국가명 : 아일랜드
만든곳 : Clinical Pharmacology, The Royal College of Surgeons in Ireland
국가명 : 아일랜드
만든곳 : Clinical Pharmacology, The Royal College of Surgeons in Ireland
사용자 환경 : Python
버전: 1.1
버전: 1.1
입력 형태 : FASTA , Phylip format
출력 형태 : delimited text file(*.badasp)
내용 : BADASP(Burst After Duplication with Ancestral Sequence Predictions)는 중복된 단백질의 기능적인 차이를 따르는 단백질 패밀리들에서 subfamily-specific 생물학적 기능을 제공하게 될 사이트를 확인하기 위한 소프트웨어 패키지이다. 주어진 단백질 계통 발생론은 orthology/paralogy 관계와 사용자 정의를 기초로 하여subfamily들로 분류된다. 조상의 서열들은 서열 alignment로부터 예측되고, 기능적인 특징은 기초적인 아미노산 치환을 테스트하는 Burst AfterDuplication 방법의 변형을 사용하여 계산된다. 다른 패키지들과 함께 쉬운 분석을 위하여 통계는 subfamily로 분류된 그룹과 조상의 서열로 출력된다.
내용 : BADASP(Burst After Duplication with Ancestral Sequence Predictions)는 중복된 단백질의 기능적인 차이를 따르는 단백질 패밀리들에서 subfamily-specific 생물학적 기능을 제공하게 될 사이트를 확인하기 위한 소프트웨어 패키지이다. 주어진 단백질 계통 발생론은 orthology/paralogy 관계와 사용자 정의를 기초로 하여subfamily들로 분류된다. 조상의 서열들은 서열 alignment로부터 예측되고, 기능적인 특징은 기초적인 아미노산 치환을 테스트하는 Burst AfterDuplication 방법의 변형을 사용하여 계산된다. 다른 패키지들과 함께 쉬운 분석을 위하여 통계는 subfamily로 분류된 그룹과 조상의 서열로 출력된다.
Burst After Duplication with Ancestral Sequence Predictions(BADASP) is a software package for identifying sites that mayconfer subfamily-specific biological functions in protein familiesfollowing functional divergence of duplicated proteins. A givenprotein phylogeny is grouped into subfamilies based on orthology/paralogyrelationships and/or user definitions. Ancestral sequences arethen predicted from the sequence alignment and the functionalspecificity is calculated using variants of the Burst AfterDuplication method, which tests for radical amino acid substitutionsfollowing gene duplications that are subsequently conserved.Statistics are output along with subfamily groupings and ancestralsequences for an easy analysis with other packages.
