Array-CGH

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어레이-CGH는 다른 DNA를 이용하여 암과 관련된 연구보다 고 밀도로 제작되었고, 대부분의 염색체상에 존재하는 유전자를 이용할 수 있다. 어레이-CGH는 암 유전자의 DNA 서열이 정상인 2개 보다 반복 횟수가 증폭되거나 감소되는 것을 찾는데 이용한다. 유전체 DNA 반복 횟수 이상은 암이 포함된 많은 인간의 질병에 특징이고, 염색체의 특정 부분에서 DNA의 감소나 증폭은 암을 억제 시키는 유전자나 촉발하는 유전자들이 반복 횟수 이상에 기여하기 때문이다. 어레이 기반 CGH 실험 분석 목적은 모든 유전체 안에서 각각의 유전자 조각들이 반복 횟수 변화를 보이는 부분을 선별해 내거나, 반복 횟수의 양적 변화를 찾는 것이다.

 

-- [[ Circular Binary Segmentation ]] (CBS) method   (Olshen et al, 2004, Biostatistics) 

-- unsupervised Hidden Markov Model (HMM) approach   (Fridlyand et al, 2004, J. Mult. Anal.) 

-- [[ Gain and Loss Analysis of DNA ]] (GLAD) using Adaptive Weights Smoothing (AWS) (Hupe et al, 2004, Bioinformatics) 

- CLuster Along Chromosomes (CLAC) method using the hierarchical clustering algorithm (Wang et al, 2005, Biostatistics) 

-- A penalized least squares regression (Huang et al, 2005, Bioinformatics)
- 
- The wavelet approach (Hsu et al, 2005, Biostatistics) 

- Comparisons of statistical analyses of the array-CGH methods : 

   Willenbrock et al (2005, Bioinformatics) and Lai et al (2005, Bioinformatics)
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