AntiHunter 2.0
From Biocourse
| Tool 이름 | AntiHunter 2.0 |  |
| 주 소 | http://bioinfo.crs4.it/AH2.0/ | |
| Web tool/application | ||
| 국 가 | 이탈리아 | |
| 기 관 | DIBIT-San Raffaele Scientific Institute | |
| 사용자 환경 | ||
| 버 전 | Version : 2.0 | |
| 입력 형태 | plain text or FASTA format, GFF format | |
| 출력 형태 | ||
| 내 용 | BLAST 출력(output)의 분석으로부터 주어진 유전체 부위 내에서 잠재적인 EST 안티센스 전사체를 검출하기위한 툴이다. 주어진 유전체 지역 내에서 잠재적 EST 안티센스 전사체들을 검출한다. EST 안티센스 전사체들에 대한 BLAST를 탐색하는데 있어서 속도와 민감성이 증가된 툴이다. 실제 이 프로그램의 사용은 주석이 달린(annotated)유전체 지역을 의심하는 것을 사용하여 EST 데이터베이스를 BLAST하게하고, 사용자의 공급된 유전자 리스트에 관련된 전사된 안티센스인 EST 전사체의 존재에 대한 BLAST를 분석(parse)하게 한다. 결과는 이메일로 사용자에게 되돌아간다. 알고리즘의 향상 때문에, 이 버전의 프로그램은 대체로 이전의 버전보다 탐색 백그라운드의 약간의 증가 또는 결코 증가하지 않음과 함께 40%이상의 더 많은 안티센스 전사체들을 검출하게 한다. A tool to detect potential EST antisense transcripts within a given genomic region. The use of this program allows, indeed, to BLAST the EST database using as a query an annotated genomic region (i.e., a genomic region in which gene location and strand occurrence is reported) and to parse the BLAST output for the presence of EST transcripts that are antisense transcribed respect to the user supplied gene list. Results are e-mailed back to the user. Thanks to algorithm improvements, this version of the program allows to detect, on average, over 40% more antisense transcripts than the previous one, with little or none increase of the search background. |
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| 설치 및 사용방법 | ||
