Answer1
From Biocourse
예로서 ADAM32유전자를 든다.관심있는 유전자가 있을 경우 그 유전자의 구조적 특징, 전체 맵상의 위치, 추가적인 정보를 얻고자 할때 다음과 같은 과정을 거칠 수 있다.
여기서는 대표적인 3개의 사이트를 예를 들어 설명한다.
Contents |
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National Center for Biotechnology Information Map Viewer
NCBI Map Viewer은 http://www.ncbi.nlm.nih.gov 로 들어가면 오른쪽 Hot spots 에 링크되어 있다.
링크를 따라 들어가면 MapViewer의 메인페이지를 확인할 수 있고
- Vertebrates
- Invertebrates
- Protozoa
- Plants
- Fungi
그림에서 보는 것과 같이
- Chromosome 검색한 유전자가 있는 염색체 번호
- Assembly ( 기존에는 Ref.seq의 정보만 제공하였으나 현재 Celera의 정보또한 제공한다.)
- Match 검색결과
- Map element Map element 링크를 클릭해서 들어가면 사용가능한 모든 Map의 종류를 한번에 볼수 있다.
- Type
- Maps
MapViewer는 Genome상에서의 정보 즉 전체적인 그림을 보기위한 목적으로 만들어진 웹도구로서 생물ADAM23 에 대해서는 붉은색라인으로 나타난다.
- OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man
- sv - sequence viewer
- pr - protein
- dl - view/download sequence data from a chromosome region
- ev - evidence viewer
- mm - Model Maker
- hm - HomoloGene
또한 상단 우측에 있는 Maps&Options 라는 버튼을 클릭하게 되면 다른종류의 Map이나 표시가 하고자 하는 정보를 추가로 선택할 수 있는 기능이 있다.
ADAM32유전자에 대한 자세한 정보는 Symbol name을 클릭하면 확인할 수 있다. Detail
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University of California, Santa Cruz Genome Browser
두번째로 소개하는 뷰어는 UCSC의 Genome Browser이다. [1]UCSC는 Human, Mouse, Rat의 가장 최근 지놈데이터를 브라우져를 통해 제공하며 draft assembly 작업도 수행하는 기관이다.
- clage Vertebrate/Deuterostome/Insect/Nematode/Other 중 선택
- genome 보고자 하는 종선택
- assembly 어셈블리의 버젼 선택
- position or search term Gene Symbol이나 id등을 적거나 위치정보를 입력
- image width 보여줄 이미지의 크기 설정.
사용가능한 쿼리와 그 결과물.
| Request: |
Genome Browser Response: |
|
| chr7 | Displays all of chromosome 7 | |
| 20p13 | Displays region for band p13 on chr 20 | |
| chr3:1-1000000 | Displays first million bases of chr 3, counting from p arm telomere | |
| chr3:1000000+2000 | Displays a region of chr3 that spans 2000 bases, starting with position 1000000 | |
| D16S3046 | Displays region around STS marker D16S3046 from the Genethon/Marshfield maps. Includes 100,000 bases on each side as well. | |
| RH18061;RH80175 | Displays region between STS markers RH18061;RH80175. Includes 100,000 bases on each side as well. This syntax may also be used for other range queries, such as between cytobands and uniquely-determined ESTs, mRNAs, refSeqs, etc. | |
| AA205474 | Displays region of EST with GenBank accession AA205474 in BRCA1 cancer gene on chr 17 | |
| AC008101 | Displays region of clone with GenBank accession AC008101 | |
| AF083811 | Displays region of mRNA with GenBank accession number AF083811 | |
| PRNP | Displays region of genome with HUGO Gene Nomenclature Committee identifier PRNP | |
| NM_017414 | Displays the region of genome with RefSeq identifier NM_017414 | |
| NP_059110 | Displays the region of genome with protein accession number NP_059110 | |
| pseudogene mRNA | Lists transcribed pseudogenes, but not cDNAs | |
| homeobox caudal | Lists mRNAs for caudal homeobox genes | |
| zinc finger | Lists many zinc finger mRNAs | |
| kruppel zinc finger | Lists only kruppel-like zinc fingers | |
| huntington | Lists candidate genes associated with Huntington's disease | |
| zahler | Lists mRNAs deposited by scientist named Zahler | |
| Evans,J.E. | Lists mRNAs deposited by co-author J.E. Evans | |
| Use this last format for author queries. Although GenBank requires the search format Evans JE, internally it uses the format Evans,J.E.. | ||
여기서는 ADAM32 를 입력하고 Submit 버튼을 클릭한다. Submit버튼을 클릭하게 되면 우선적으로 몇가지 카테고리에 의한 결과를 보여주는데 known genes, Refseq genes, Non-human Ref genes 등의 카테고리를 확인할 수 있다. 여기서는 known genes 카테고리의 ADAM32를 선택하여 뷰어화면으로 넘어가도록 한다.
다음의 그림은 UCSC Genome Viewer의 결과화면이다.
상단에는 이미지를 Zoom In/Out, Move 할수 있는 버튼이 있고 Map Viewer과 마찬가지로 염색체상의 위치를 나타내는 그림이 있다.
그 밑으로는 검색된 결과들을 나타내는 이미지가 있는데 Map Viewer와는 달리 가로 방향으로 표시되며 각각의 정보들은 Track이라 하고 Track은 추가 또는 제거가 가능하므로 보고자 하는 것을 선택하면된다.
추가적인 정보는
- UCSC에서 제공하는 안내문서를 참조 Traning doc
- KOBIC( 국가생물자원정보관리센터 ) 교육자료 를 보시기 바랍니다.
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Ensembl
Ensembl 링크를 따라가면 Ensembl 로 갈수 있습니다.
아래는 결과페이지로 앞서 본 NCBI Map Viewer, UCSC Genome Viewer과 전체적인 디자인이 다를 뿐 표시하는 내용은 유사합니다.
이페이지에서 다양한 옵션을 가지고 실습해 보도록 합니다.
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