About Biopython

From Biocourse

전산을 잘모르는 생물학자에게 쉽게 접근할수 있는 파이썬 프로그램 언어를 이용하여 생물학적인 여러 문제들을 해결하기 위한 파이썬 라이버러리를 제공한다.

바이오파이썬은 다음과 같은 생물학적 문제들을 해결하는 기능들을 가지고있습니다.

  1. 대량의 생정보학 데이터들을 처리(파싱, 핸들)하는 기능
    - Blast 결과물 - Standalone 툴과 WWW Blast 양쪽 포맷을 지원
    - Clustalw
    - FASTA
    - GenBank
    - PubMed 와 Medline
    - Expasy 파일들, Enzyme, Prodoc과 Prosite
    - "dom"과 "lin" 파일들을 포함한 SCOP
    - Rebase
    - SwissProt

  2. 다양한 포멧의 파일들에 대해 사전 형식의 인덱싱과 접근을 통해 기록을 반복할 수 있다.

  3. 온라인 상으로 제공하는 생물정보학 데이터베이스를 다룰 수 있는 코드를 제공한다.
    - NCBI - Blast, Entrez, 와 PubMed 서비스
    - Expasy - Prodoc 과 Prosite 항목들

  4. 일반적으로 많이 사용하는 생물정보학 프로그램들을 쉽게 다룰 수 있는 인터페이스를 제공한다.
    - NCBI의 Standalone Blast
    - Clustalw과 같은 다중정열 프로그램

  5. 서열 ID, 특징들 및 서열들을 다루는 표준화 클래스를 제공한다.

  6. 유전자의 전사 (Transcription), 번역 (Translation) 및 분자량 계산 (Molecular weight calculation)와 관여된 일반적인 기능들을 수행하기 위한 툴들을 제공한다.

  7. KNN 분류기(k-nearest neighbors), 네이티브 베이(Native Bayes 또는 서포터 벡터 머신 (Support Vector Machines)을 사용한 데이터의 분류를 수행하기 위한 코드를 제공한다.

  8.  치환 메트릭스 (substitution matices)를 생성하고 다루는 표준된 방법을 포함한 서열정열을 다루는 코드를 제공한다.

  9. 대량의 생물학 데이터를 병렬처리하기 쉽게 돕는 코드를 제공한다.

10. 서열을 다루고, 단백질로 번역하고 , 블라스팅하는 등을 수행하는 GUI기반의 프로그램을 제공한다.

11. 온라인 위키 문서, 웹사이트, 메일링 리스트를 포함한 파일과, 모둘을 사용하는데 필요한 문서와 도움말을 제공한다.

12. BioCorba 인터페이스를 이용하여 Bioperl과 Biojava를 포함한 다른언어들을 통합관리 할수 있다.