AGenDA

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AGenDA: homology-based gene prediction
image:포맷변환_bibiserv.jpg

  • 주소: <html>http://bibiserv.TechFak.Uni-Bielefeld.DE/agenda/</html>
  • Web server/Application: Web server
  • 국가명: 독일, 미국
  • 만든 곳: International Graduate School for Bioinformatics and Genome Research University of Bielefeld
    GSF Research Center, MIPS / Institute of Bioinformatics
    Faculty of Technology, Research Group in Practical Computer Science, University of Bielefeld
    Computer Science Department, Stanford University
    University of Göttingen, Institute of Microbiology and Genetics
  • 사용자 환경:
  • 버전:
  • 입력형태:
  • 출력형태:
  • 내용: 우리는 유전자 예측을 하기 우해 상동성에 기반을 둔 월드와이드 웹 서버를 갖고 있다. 사용자들은 예를 들어, 사람과 쥐로부터 온 진화적으로 관계된 유전페 서열의 쌍을 입력한다. 우리의 소프트웨어는 CHAOS와 DIALIGN을 사용하여 입력된 서열의 나열을 계산하고, 국지적 서열 유사성의 주변에 시작/정지 코돈과 처리 신호를 전환하기 위해 검색한다. 후보 엑손은 식별되며, 적합한 유전자 모델을 계산하다. 서버는 e-mail을 통해 조립된 유전자 모델을 돌려주며, 유전체 정렬의 그래픽적 표시도 함께 보낸다.
    (We present a www server for homology-based gene prediction. The user enters a pair of evolutionary related genomic sequences, for example from human and mouse. Our software system uses CHAOS and DIALIGN to calculate an alignment of the input sequences and then searches for conserved splicing signals and start/stop codons around regions of local sequence similarity. This way, candidate exons are identified that are used, in turn, to calculate optimal gene models. The server returns the constructed gene model by email, together with a graphical representation of the underlying genomic alignment. )
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