AFLP

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AFLPinSilico, simulating AFLP fingerprints

  • 주소:  <html>http://www.psb.rug.ac.be/bioinformatics/AFLPinSilico.html</html> (찾을 수 없음)
  • Web server/Application:
  • 국가명: 벨기에
  • 만든 곳: Department of Plant Systems Biology, Flanders Interuniversity Institute for Biotechnology (VIB)
    Laboratoire associé de l’INRA (France), K.L.
  • 사용자환경:
  • 버전:
  • 입력형태:
  • 출력형태:
  • 내용: 증폭된 파편 길이 다형(AFLP) 지교채취 방법의 결점은,  다른 파편을  DNA 서열과 함께 연결시키는 것이 곤란하다는 것이다. 여기서 나타난 AFLPinSilico 적용은, AFLP 파편의 타카오산성 식별을 허가하는 사실상의 지문을 낳고, cDNA 혹은 지놈 순서의 어느쪽이든 위에서 실행된 AFLP 실험을 시뮬레이트 한다. 생물학자는, 한층 미리 행해진 시뮬레이션에 의해서 프로그램에 따라 실험을 관리할 수 있어, 실행되야만 하는 실험의 수를 축소한다. AFLPinSilico는, 실행 가능한(PERL를 실행하는 임의의 플랫폼의 요청으로 이용 가능) 커멘드 라인을 통해서, www에 의해서, 혹은 스탠드·아론의 버젼을 통해 이용 가능하다.
    (A drawback of the Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) fingerprinting method is the difficulty to correlate the different fragments with their DNA sequence. The AFLPinSilico application presented here simulates AFLP experiments run on either cDNA or genomic sequences, producing virtual fingerprints that allow high throughput identification of AFLP fragments. The program also enables biologists to manage experiments through simulations done beforehand, thereby reducing the number of experiments that have to be run. AFLPinSilico is available through the www or as a stand-alone version, through a command line executable (available upon request, for any platform running PERL). )
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