7주

From Biocourse

Jump to: navigation, search
 
1. Read => homework-2week.txt



1) Find No missing data.   :  R-7-1 Solution


2) Correlation of samples(1~10).   :  R-7-2 Solution


3) Scatter plot of samples(1~10).   :  R-7-3 Solution


4) Calculate gene(1~10) t-value, p-value 

:  R-7-4 Solution


5) Calculate t-value of total genes  :   R-7-5 Solution


6) Ordering : t-value & save Excel  :  R-7-6 Solution


2. Read => testdata1.txt
-

image:r-7-2.jpg



*** SNP 별로 Missing처리. => Imputation  ***
1.
 
   1) Missing 확인  :  R-7-7 Solution
2.
 

  2)각 SNP별 빈도수 계산  :  R-7-8 Solution
3. 


  3) 빈도수가 가장 큰 수로 missing 보정 : R-7-9 Solution


      단) 빈도수가 같을 경우 1>3>2 순으로 보정


Retrieved from "http://Biocourse.org/index.php/7%EC%A3%BC"