6일차

From Biocourse

생물정보학 프로그래밍 특훈 6일차 

31. 파일로된 BLOSUM62와 두개의 peptide seq.를 읽어 들인다. BLOSUM62는 화면에 그냥 출력하고 두개의 seq는 BLOSUM62에서 값을 구해 최종 값을 출력한다. 

32. 임의의 protein sequence file1, file2 (seq1, seq2)를 읽는다. BLOSUM62를 읽어 들인다. Gap이 없는 global alignment만을 가정하여 그 결과를 출력한다. 

33. 문제 32번을 Gotoh Algorithm으로 구현한다. 즉 affine gap cost를 사용하여, GOP, GEP는 임의로, scoring matrix는 BLOSUM62를 읽어서 alignment 결과 출력한다. 

34. 문제 33번에서 Smith-Waterman Algorithm으로 구현하여 alignment된 결과를 출력한다.